А наличие этих ключей на что влияет? Смысл их удалять спец софтом, если он может чисто случайно снести, что-то нужное?
Незнаю как менеджер автозагрузки Reg Organizer , но лучшей считается Autoruns от Микрософта.
Я понимаю, что лишние ключи не нужно, но предполагаю, что разницы в работе не будет, если их удалять.